Segunda Etapa
Tras la Semana Santa de 1995 surgen los primeros movimientos para reinstaurar la Hermandad de Begoña. Tras una recogida de firmas, una breve reunión con el entonces párroco de la Basílica de Begoña, D. Karmelo Etxenagusia, y otra reunión con los antiguos cofrades de la Hermandad José Ramón Urtiaga, Jaime Larreta, José Luis Elordui, Manuel Maria Vélez y Luis Maria Bayer, se acuerda la convocatoria de una reunión en los locales de la Basílica a este efecto, todas ellas a propuesta de Benjamín Hernández Lasso, quien dio los primeros pasos, y Joseba Rodríguez, ambos cofrades bilbaínos.
Como resultado, veinte personas constituyeron el denominado Grupo Promotor, al que, además de los antiguos cofrades, se incorporan feligreses de la Basílica, jóvenes del Barrio y antiguos cofrades o descendientes suyos.
El Grupo se reúne en numerosas ocasiones para la renovación de los antiguos estatutos, introduciendo algunas modificaciones que recogían el nuevo aire que se le quería dar a la Hermandad, otras que recogían la actualidad de la Semana Santa Bilbaína y otros que adaptaban los estatutos al vigente Código Canónico.
En Julio de ese año se termina la redacción de los nuevos estatutos y se instaura la Junta Provisional, que regiría los pasos de la Cofradía hasta la aprobación de los estatutos y la posterior elección del Hermano Abad de la Cofradía.
Así, salió elegido presidente de esta Junta Provisional Juan Ignacio Goiri Santamaría. Con él en la Presidencia se firman por el Excmo. E Ilmo. Obispo de Bilbao D. Ricardo Blázquez los Estatutos reformados y se renueva la erección canónica de la Hermandad de Begoña. Los dos primeros actos de la renovada Hermandad de Begoña son la Eucaristía en recuerdo de los difuntos, en la noche del 21 de Noviembre, y la imposición de medallas a los 30 primeros hermanos y hermanas, el 3 de Diciembre, ambos actos solemnemente celebrados en la Basílica de Begoña.
Inmediatamente después, la Hermandad de Begoña se incorpora a la Hermandad de Cofradías de la Villa de Bilbao y se decide su participación en los desfiles procesionales de la Semana Santa Bilbaína de 1996, convocándose una Junta General Ordinaria para la elección de la Junta Directiva que regirá la Hermandad de Begoña los siguientes cuatro años.
2ª Etapa: A partir de Diciembre de 1995
Después de los trabajos de la Junta Provisional, se elige en la Junta General de Febrero de 1996 a la primera Junta Directiva de la Hermandad de Begoña. Preside esta Junta Juan Ignacio Goiri Santamaría, que lo hará hasta Diciembre de 1999, en que sería sustituido por Javier Diago Elorduy.
En esta segunda etapa de la Hermandad de Begoña hay que significar numerosos cambios en su actividad, que podemos agrupar en los siguientes campos:
El primero hace referencia a su Celestial Patrona, la Virgen de Begoña. Si en su primera época la Hermandad convivía con la Cofradía de la Madre de Dios de Begoña, que llevaba todo el peso del fomento de la devoción a la Virgen de Begoña, es ahora la Hermandad de Begoña, en consonancia con sus estatutos fundacionales, la que subraya este objetivo de forma especial, al haber desaparecido la anterior cofradía.
Como acto fundamental en este campo está la celebración del 11 de octubre, Fiesta Canónica de la Virgen de Begoña, que se organiza en recuerdo de la convulsa romería de 1903. El acto, que se inicia en 1996 con una subida a Begoña por las Calzadas de Mallona, reúne entre el escepticismo de la mayoría a más de 3.000 romeros. En pocos años se consolida como uno de los actos festivos más importantes de la ciudad con más de 100.000 peregrinos a lo largo de todo el día.
Desde 2007, la Hermandad de Begoña añade al Programa de Actos una Procesión de Antorchas la víspera del 11 de octubre. Preside la procesión una réplica de la Virgen de Begoña, que junto con su paso procesional se han costeado con donativos.
Además de estos actos centrales, la Hermandad también organiza en honor de su Patrona dos peregrinaciones en esta primera década, así como la edición de 10.000 estampas cada año para su reparto el 15 de Agosto, en la multitudinaria y espontánea fiesta de la Asunción de María en Begoña.
En el segundo lugar, la Hermandad de Begoña añade a su participación en los desfiles de Semana Santa la organización de una procesión por su barrio, centrando su devoción en sus dos nuevas imágenes titulares, el Santo Cristo de la Humildad y Nuestra Señora de la Caridad, con las que recorre las calles del barrio cada tarde del Domingo de Ramos desde 1998.
Además, cada Cuaresma, la Hermandad de Begoña organiza desde su reorganización una serie de actos culturales y religiosos con el fin de prepararse para las Procesiones.
Entre los primeros, se consolidan dos el Concierto Sacro que bajo la denominación de Miserere se celebra en la Basílica de Begoña y el Certamen de Bandas de Cornetas y Tambores de Santutxu que tuvo sus inicios en un concierto de marchas procesionales que se celebraba en las calles del barrio.
En cuanto a los actos religiosos, se consolidan la celebración del Miércoles de Ceniza, que la Hermandad organiza desde su reinstauración, el Vía Crucis y la Eucaristía, que finaliza con el Besamano de Nuestra Señora de la Caridad y que da paso a una Novena que culmina en la salida procesional de la imagen.
En tercer y último lugar están los actos de hermandad. Entre ellos destacan la Excursión Mariana, que sirve a su vez para dar gracias a la Madre del Cielo por los propósitos personales de mejora obtenidos en la Semana Santa, y la Fiesta de las Familias, en que la Cofradía se reúne en un día de fiesta que sirve de convivencia entre los cofrades.
A estos grupo de actos que tienen relación con el propio nombre de la Cofradía, es decir, HERMANDAD + PENITENCIAL + NUESTRA SEÑORA DE BEGOÑA, también hay que añadir otros como conferencias o actos religiosos en honor a sus titulares.
En su forma externa, la Hermandad varía en tres campos respecto de la anterior etapa.
El primero hace referencia a su vestimenta. La Hermandad cambia de tejido de su hábito e incorpora la capa para todos sus cofrades e incorpora guantes y calzado negros. Antes, los guantes eran blancos todos los días y negros únicamente el Viernes Santo.
El segundo cambio da entrada a las mujeres como penitentes con los mismos derechos y deberes que los hombres.
El tercero es que la Hermandad, desde 1997, incorpora una banda, al principio de tambores y desde 1999 de cornetas y tambores. El último cambio significativo es que el Abad es elegido por la Junta Permanente, que a su vez es elegida por la Junta General que se convoca a este efecto, y los cargos son de duración determinada.
En esta segunda etapa la Hermandad de Begoña se ha hecho con un importante patrimonio, no solo humano, sino también cultural (actividades) y artístico (imaginería, bordado, orfebrería y talla), habiendo incluso adquirido en propiedad su sede actual en Virgen de Begoña 10.