La Hermandad Penitencial de Nuestra Señora de Begoña fue erigida canónicamente en la Iglesia Parroquial y Basílica de Begoña el 3 de Diciembre de 1947 por el Excmo. e Ilmo. Obispo de Vitoria D Carmelo Ballester.
Esta fue su sede hasta el año 1975 en que suspendió sus actividades.