Junta Directiva
Román Boado Endeiza (7 de octubre de 1911- 5 de octubre de 1964)
Fue el primer Hermano Abad de la Hermandad de Begoña. Desempeñó su cargo desde el 3 de Diciembre de 1947 hasta su fallecimiento, el 5 de octubre de 1964.
Antonio Urtiaga Egüen (13 de Junio de 1910 – 19 de Abril de 1994)
Fue Hermano Abad desde el 6 de octubre de 1964 hasta que el 6 de enero de 1977 entregó la cantidad de pesetas que había en la cuenta de la Hermandad a la Basílica de Begoña correspondientes a la liquidación de la Hermandad.
Juan Ignacio Goiri Santamaría (8 de Marzo 1944 – 8 de Marzo de 2002)
Fue el primer Hermano Abad después de la reinstauración de la Hermandad de Begoña. Previamente a ocupar este cargo fue el Presidente de la Junta Directiva Provisional hasta que fue elegido Hermano Abad en la Asamblea General del 3 de Febrero de 1996. Ocupó el cargo durante cuatro años, concretamente hasta el 5 de Diciembre de 1999 .
Javier Diago Elorduy (29 de Febrero de 1964 – )
Ha sido el cuarto Hermano Abad de la Hermandad de Begoña, fue elegido por primera vez el 5 de Diciembre de 1999 y su cargo fue renovado con una nueva elección en Diciembre de 2003. El 15 de Diciembre de 2007 dejó su cargo tras haber cumplido los dos periodos consecutivos posibles como Hermano Abad.
Joseba Rodríguez Luzárraga (16 de Noviembre de 1959 – 10 de Marzo de 2011)
Fue elegido por primera vez el 15 de Diciembre de 2007. Previamente a ocupar este cargo fue Hermano Vicario y Hermano Tesorero en funciones. Fue uno de los 20 que reactivaron la Hermandad en 1995.
Falleció el 10 de Marzo de 2011, desempeñando el Cargo.
Javier Diago Elorduy (29 de Febrero de 1964 – )
Tras el fallecimiento de Joseba Rodríguez, desempeño el cargo de Abad temporalmente D. Javier Goitia hasta el nombramiento de D. José Andrés Etxebarria por parte de la junta directiva de forma temporal hasta la celebración de nuevas elecciones al finalizar el periodo de 4 años. El 18 de Diciembre de 2011 fue elegido de nuevo para un periodo de 4 años. Fue reelegido una vez más en Diciembre de 2015 por 4 años más.
Juan María Vélez Elordi (09 de Diciembre de 1976 – )
Fue nombrado Abad en Diciembre de 2019, después de 12 años como Hermano Tesorero.
DIRECCIÓN DE LA COFRADÍA
El Consejo es la encargada de regir la Cofradía. Se conforma por los miembros de la Junta Directiva, es decir, Abad, Vicario de Gloria, Vicario de Penitencia, Secretario, Vicesecretario, Tesorero, Limosnero, Contador, Almacenero, Liturgia, Asesor Religioso y Rector así como por un número indeterminado de Hermanos Mayores, cada uno de los cuales representa a un grupo más o menos amplio de Cofrades.
Si en la primera etapa de la Cofradía, el Hermano Abad o Presidente era elegido por el Párroco de la Basílica de Begoña, de entre los cinco miembros elegidos para la Junta Permanente, en esta segunda etapa, a partir de 1995, es elegido por los propios miembros de la Junta Permanente.
Con los Estatutos aprobados en 2007, las listas son cerradas y elegidas por los hermanos en votación secreta.
Así como la Junta Directiva se reúne con mucha frecuencia, puesto que sus miembros se encargan de velar por que la Hermandad funcione a lo largo de todo el año en sus aspectos organizativos, el Consejo es convocado para aprobar presupuestos, cuentas, gastos o proyectos extraordinarios, intentando cada Hermano Mayor hablar en representación de su grupo.
Es muy importante que el Hermano Mayor conozca a cada miembro de su grupo, no sólo para conocer sus opiniones, para lo cual puede reunir el grupo, sino para conocer su situación familiar, social y económica, por si es el caso de que necesitara alguna ayuda espiritual o material. Además, el Hermano Mayor tiene las funciones de controlar si las cuotas de los miembros de su grupo está al día y de analizar el grado de participación de los miembros de su grupo en las actividades de la Hermandad.