La Hermandad Penitencial de Nuestra Señora de Begoña fue fundada el 3 de Diciembre de 1947, por D. Carmelo Ballester, Excmo. e Ilmo. Obispo de Vitoria, pues en aquella época no existía aún la Diócesis de Bilbao.
La Hermandad fue erigida canónicamente en la Basílica de Begoña, que fue su sede durante esta primera época.
El nombre de la Hermandad dio algún quebradero de cabeza, pues debía diferenciarse de la Cofradía de la Madre de Dios de Begoña. Tras varias reuniones, se acordó su nombre actual y se aprobó su sello. En su centro está el jarrón con azucenas, símbolo del barrio de Begoña, sobre él la corona, en recuerdo de la coronación de la Virgen de Begoña, y detrás la cruz latina, recordando su carácter penitencial.
En esa época los cultos y celebraciones de la Hermandad se realizaban en la Basílica de Begoña y se centraban fundamentalmente en los Misterios de la Pasión, Muerte y Resurrección de Jesucristo.
La Cofradía vestía túnica blanco roto de loneta y antifaz negro alto, con un emblema en el que figuraba la Cruz Griega, con cuatro pequeños rombos en los extremos de sus brazos, significando los clavos de Cristo, y la palabra BEGO–OÑA, intercalada en los cuatro brazos. Completaba su hábito con cíngulo de cordón negro y calzado negro y calcetín blanco.
Entonces era un Cofradía de riguroso silencio, aunque cuando languidecía el número de cofrades se empezaban a oír las voces de los más jóvenes, que pensaban que al incluir una banda de clarines se revitalizaría.
Además de los cultos en la Basílica, la Cofradía organizaba una procesión por el barrio de Begoña, la del Silencio, que recorría junto con los feligreses, en la madrugada del Viernes Santo, los monumentos al Santísimo Sacramento de los conventos e Iglesias del barrio haciendo las tradicionales “siete visitas al Santísimo”, la primera en la propia Basílica y la última en el Colegio de los Ángeles Custodios, frente a la cárcel de Larrínaga.
Precisamente en ese recorrido y finalizada la visita en este monumento, dos hermanos de la Hermandad se introducían en la citada cárcel llevando uno o varios hábitos de la Cofradía, destinados a otros tantos presos que en los albores de la mañana lograban su indulto, para posteriormente salir todos ellos vestidos con el hábito penitencial. Este hecho se repitió cada año hasta 1964 en el que la Cárcel de Larrínaga se trasladó a su localización actual en Basauri.
Con el fuerte declive que sufrieron los desfiles procesionales en los años setenta la Hermandad de Begoña suspende su actividad en 1975, cediendo los derechos de organización de su procesión a la Cofradía de Nuestra Señora de la Merced, hasta que la Hermandad volviera a resurgir.
En esta primera etapa hubo dos Hermanos Abades, Román Boado Endeiza (1947-1964) y Antonio Urtiaga Egüen (1964-1977). Toda la documentación que tenía la Hermandad se perdió, ya que el lugar en que se custodiaba se inundó con el “aguadutxu” que anegó Bilbao en 1983.